El Rector es el Representante Legal y la máxima autoridad personal de la FUNDACIÓN UNIVERSITARIA CERVANTES SAN AGUSTÍN -UNICERVANTES. En tal condición, y en el ámbito de su competencia, es responsable de la gestión académica, administrativa y financiera y debe tomar las decisiones necesarias para el desarrollo y buen funcionamiento de la Institución. 

Periodo
Es nombrado por el capítulo Universitario de la FUNDACIÓN UNIVERSITARIA CERVANTES SAN AGUSTIN-UNICERVANTES, de terna enviada por el Consejo Provincial para un periodo de cuatro (4) años y podrá ser reelegido, para otro periodo igual.

Funciones
Las funciones del Rector están establecidas en el artículo 18 literal C. del Decreto 001 del 30 de julio del 2018 y en general su principal función es la de representar legalmente a la institución y es la máxima autoridad administrativa y académica.

Fundamentada en el espíritu Agustiniano y apoyada por diversos actores comprometidos de la comunidad educativa, está enfocada en fortalecer la interioridad y espiritualidad de todos los miembros de la institución a través de la celebración de los sacramentos y espacios de oración y reflexión tanto personales como comunitarios.

Además, se propone, a través de los vínculos de amistad, llegar a toda la comunidad educativa, generando un interés por la búsqueda de la sabiduría por medio de la formación en la fe, la catequesis y actividades culturales de carácter religioso.

Finalmente, impulsada por la caridad, desea proyectar socialmente muchos esfuerzos en favor de la comunidad educativa, la Fundación Ciudad de Dios, las misiones, la participación en voluntariados, programas radiales o digitales con la Orden de San Agustín.

Para ser Director de Pastoral Universitaria se deben tener en cuenta los siguientes requisitos:
Se requiere ser Sacerdote o Fraile Agustino, tener título universitario de pregrado con experiencia en trabajo de Pastoral mínimo de dos (2) años.

Es la encargada de direccionar los planes, programas y proyectos que adelante la institución para el logro de sus objetivos misionales, asimismo, debe realizar el seguimiento, la medición y el análisis respectivo al cumplimiento de los indicadores con el fin de proponer y presentar acciones de mejora y oportunidades de desarrollo.

La unidad de Planeación y Evaluación se divide en cuatro oficinas, así:

El Vicerrector académico es la autoridad personal de gobierno encargada del desarrollo académico y de extensión.

Funciones:

1. Fomentar el desarrollo de los programas académicos de pregrado y posgrado y la extensión de estos, de conformidad con el campo de acción de la Institución.
2. Supervisar los procedimientos de admisión, matrícula y registro y control de los estudiantes.
3. Coordinar acciones de cooperación académica con otras universidades u organismos nacionales o extranjeros.
4. Presidir los comités académicos que la estructura orgánica interna determine.
5. Coordinar la interacción de las distintas unidades y oficinas académicas de la institución.
6. Supervisar semestralmente   la nómina    docente de los programas académicos de cada Facultad.
7. Supervisar la planificación y desarrollo de los cursos y proyectos de extensión de cada Facultad.
8. Presentar semestralmente al Rector un informe de gestión de conformidad con los procesos, procedimientos y metas estratégicas a su cargo.
9. Promover con el director de la Oficina de Pastoral la vivencia de los valores éticos, agustinianos y cristianos en la Comunidad académica, en especial con el personal docente, ejecutivo y administrativo a su cargo.
10. Presentar a la Unidad de Planeación y Evaluación el presupuesto anual de operación de la Vicerrectoría, con la asesoría de la Oficina de Planeación y Gestión y del área Financiera y Contable articulando las necesidades en materia de docencia, investigación, extensión e internacionalización de las Facultades y los programas.
11. Las demás designadas por autoridad competente, los reglamentos y el Estatuto de la Institución.

El Vicerrector Administrativo y Financiero es la autoridad personal de gobierno responsable de la gestión del talento humano, así como de la administración de los bienes y recursos financieros de la institución.

Funciones

1. Preparar el informe mensual de ejecución presupuestal de la institución.
2. Fomentar el cuidado y mantenimiento de los bienes de UNICERVANTES y orientar su uso al logro de la misión institucional.
3. Asegurar el correcto manejo y ejecución de las finanzas de la institución y la aplicación de las normas contables vigentes y adecuadas.
4. Administrar los ingresos y egresos por todo concepto en UNICERVANTES, así como adelantar las gestiones para recaudar los dineros adeudados y pagar las obligaciones que contraiga la Institución con ocasión del ejercicio de la misión.
5. Supervisar la actualización del inventario de los bienes de la institución, el mantenimiento de los bienes y la planta física, orientados al logro de los objetivos institucionales.
6. Firmar con el Rector los títulos valores e instrumentos negociables de UNICERVANTES.
7. Fomentar el buen clima laboral en UNICERVANTES, las relaciones laborales del personal docente, ejecutivo y administrativo y el desarrollo de los programas de bienestar Institucional involucrando la Comunidad académica.
8. Gestionar los viáticos, pasajes y gastos de representación en la institución, según lo autorizado en el Consejo Administrativo Financiero, el Consejo Directivo y el Capítulo Universitario, en los ámbitos de su competencia.
9. Promover con el director de la Oficina de Pastoral la vivencia de los valores éticos y cristianos en la comunidad académica, en especial con el personal ejecutivo y administrativo a su cargo.
10. Presentar a la Unidad de Planeación y Evaluación el presupuesto anual de operación de la Vicerrectoría, con la asesoría de la Oficina de Planeación y Gestión y del área Financiera y Contable de la institución.
11. Presentar semestralmente al Rector un informe de gestión de conformidad con los procesos, procedimientos y metas estratégicas a su cargo.
12. Las demás designadas por autoridad competente, los reglamentos y el Estatuto de la institución.

El Vicerrector de Investigación es la autoridad personal de gobierno con la responsabilidad de la promoción, desarrollo y consolidación de la función sustantiva de la investigación en la institución.

Funciones:

1. Proponer, actualizar y velar por la ejecución de las políticas de la función sustantiva de la investigación en la institución y de sus programas de posgrado.
2. Proponer, actualizar y velar por la ejecución de la política institucional de publicaciones y de propiedad intelectual.
3. Promover la observancia de los lineamientos para la gestión de la investigación en la institución.
4. Supervisar los proyectos de investigación establecidos en la institución.
5. Supervisar la creación y gestión de los programas de posgrado de la Institución.
6. Ejecutar los recursos de los proyectos de investigación.
7. Velar por la pertinencia, calidad y excelencia de los proyectos de investigación desarrollados en la Institución.
8. Aprobar áreas y líneas de investigación presentados por los programas, previa recomendación del Comité de Investigación y Publicaciones.
9. Velar por el cumplimiento de la ética y por la política de propiedad intelectual en el desarrollo de los proyectos de investigación.
10. Avalar los grupos de investigación, previa aprobación de su creación por parte del Comité de Investigación y Publicaciones.
11. Presidir el Comité de Investigación y Publicaciones de la institución.
12. Presentar semestralmente al Rector un informe de gestión de conformidad con los procesos, procedimientos y metas estratégicas a su cargo.
13. Promover con el director de la Oficina de Pastoral la vivencia de los valores éticos, agustinianos y cristianos en la Comunidad académica, en especial con el personal de investigadores y administrativo a su cargo.
14. Presentar a la Unidad de Planeación y Evaluación el presupuesto anual de operación de la Vicerrectoría, con la asesoría de la Oficina de Planeación y Gestión y del área Financiera y Contable de la institución.
15. Las demás designadas por autoridad competente, los reglamentos y el Estatuto de la institución.

Es una dependencia interna conformada por los programas académicos de pregrado en: Derecho, Ciencia Política, Trabajo Social y Psicología.  Además, cuenta con la especialización en Innovación Social y Gestión de Proyectos, el propósito de la facultad es desarrollar los procesos de docencia, investigación y extensión, el fomento de la interdisciplinariedad y demás funciones relacionadas con el servicio público de la Educación Superior, en el marco de los requisitos legales e institucionales establecidos para ello.

Esta facultad tiene presencia en el municipio de Mocoa, Putumayo, con los pregrados en Derecho y Trabajo Social. También en Florencia, Caquetá con la oferta académica en Derecho y Trabajo Social.

Es una dependencia interna conformada por los programas académicos de pregrado en: Finanzas y Negocios Internacionales, Contaduría Pública, Administración de Empresas y Administración Deportiva. El propósito de la facultad es desarrollar los procesos de docencia, investigación y extensión, el fomento de la interdisciplinariedad y demás funciones relacionadas con el servicio público de la Educación Superior, en el marco de los requisitos legales e institucionales establecidos para ello.

Es una dependencia interna conformada por el programa de pregrado en Teología y la especialización en Teología y Educación Clásica por medio de la cual se desarrollan los procesos de docencia, investigación y extensión, el fomento de la interdisciplinariedad y demás funciones relacionadas con el servicio público de la Educación Superior, en el marco de los requisitos legales e institucionales establecidos para ello.

El profesional en Ingeniería en Analítica de Datos cervantino es integral, cuyas competencias científicas y tecnológicas en procesamiento, transformación y analítica basadas en datos le permiten formular e implementar planes estratégicos de datos.

La Secretaria Académica tiene como principal función coordinar la gestión académica y administrativa, desde la planificación hasta la ejecución de los procesos educativos, su seguimiento y control. Es responsable de garantizar el cumplimiento de los procedimientos y reglamentos institucionales, lo que asegura una educación de calidad y equitativa para cada uno de los estudiantes. Además, es uno de los puntos de contacto para la comunidad educativa que requiera orientación sobre procesos académicos.

Por otro lado, es responsable también de generar informes y consolidar los resultados frente al desarrollo de las actividades académicas, lo que ayuda a garantizar una gestión eficiente de los recursos de la institución y a mantener el control sobre el progreso académico de la comunidad estudiantil y el rendimiento de los docentes; siempre en búsqueda del mejoramiento continuo.